Relay Therapeutics 利用 AWS 加快药物研发

Relay Therapeutics 是一家精准医药公司，通过利用对蛋白质运动的独到见解来改变药物发现过程。在实验室中测试有潜力的化合物之前，科学家们必须考虑一个至少含有近百亿种化合物的分子宇宙。他们需要对这个广泛的集合进行筛选，以得到最可能与生物靶点结合的 100-200 种化合物。

通过分析更多的化合物，科学家们更有可能找到能在实验室中进行测试的合适分子。在具有数千个 CPU 的典型本地数据中心中，分析十亿种化合物可能需要数月时间。在本地数据中心部署足够的 CPU 也可能需要高昂的成本，特别是由于此类分析具有“突发”性质。

通常，在传统的 IT 环境中，制药公司每次都要虚拟筛选几百万个化合物。Relay Therapeutics 决心将这个数字扩展到数十亿，并转而采用 Amazon Web Services（AWS）来解决这一挑战。“选择 AWS 而不是其他云提供商的主要因素是我们从一开始就获得了支持，”Relay Therapeutics 的计算高级副总裁 Pat Walters 说道。“而且，它一直都在帮助我们提高流程的效率。”

在 AWS 上，该公司还简化了虚拟筛选，因此科学家可以使用开源脚本在 AWS Batch 上开始分析。然后，科学家可利用 Amazon Athena 快速分析数据，这是一种无需管理基础设施的无服务器查询服务。 

Pierce 估计，与在本地执行虚拟筛选相比，Amazon EC2 竞价型实例可将计算成本降低 50%。AWS 和 Relay Therapeutics 还在流程中内置了参数检查，以防止分析成本超出预算金额。“如果作业超出设置的费用阈值，则我们会收到警报，”Walters 解释道。“这告诉我们某个参数已关闭，因此我们可以终止作业或即时进行调整。”

自部署 AWS 高性能计算解决方案以来，Relay Therapeutics 已经运行了 50 亿种化合物的多次筛选。由于 AWS 提供的可扩展性，科学家可以在同一移动蛋白质靶点的多个快照上运行筛选。  

几年前，Relay Therapeutics 团队不会想到公司能以现在的规模运行虚拟筛查，即依靠科学家来分析包含数十亿行的表。“对包含数十亿行的表进行排序并非易事，”Walters 强调道。“通过使用 AWS 技术，我们可以有效地处理所有这些信息，这样一来，将有助于我们努力接近我们的最终目标 - 以前所未有的速度向患者提供药物。”