Relay Therapeutics が AWS を利用して創薬を加速

Relay Therapeutics は、タンパク質の動きに対する比類のないインサイトを活用することにより、創薬プロセスを変革する精密医療企業です。ラボで有望な化合物をテストする前に、科学者は分子の宇宙を検討する必要があります。そこには、利用可能な出発点として 100 億近くの化合物が存在しています。これらの科学者は、この広範なセットを、生物学的標的に結合する可能性が最も高い 100〜200 個の化合物にまで絞り込む必要があります。

より多くの化合物を解析することで、ラボでのテストに適した分子が見つかる可能性が高まります。数千の CPU を備えた典型的なオンプレミスのデータセンターでは、10 億の化合物の解析に数か月かかる可能性があります。オンプレミスのデータセンターに十分な CPU をデプロイすることも、特に解析の「バースト性」のために、法外なコストが発生します。

通常、従来の IT 環境では、製薬会社は事実上一度に数百万の化合物をスクリーニングします。Relay Therapeutics は、その数を数十億に拡大することを決意し、課題を解決するためにアマゾン ウェブ サービス (AWS) を利用することにしました。「他のクラウドプロバイダーよりも AWS を選択する主な要因は、当初から提供されているサポートです」と Relay Therapeutics の計算担当シニアバイスプレジデントである Pat Walters 氏は述べています。「そして、それは当社のプロセスをより効率的なものにし続けています」

同社は AWS でバーチャルスクリーニングも簡素化したため、科学者はオープンソーススクリプトを利用して AWS Batch で解析を開始できます。その後、科学者は、管理するインフラストラクチャがないサーバーレスクエリサービスである Amazon Athena を利用して、データを迅速に解析します。 

Pierce 氏の見積りによれば、Amazon EC2 スポットインスタンスは、オンプレミスでバーチャルスクリーニングを実施する場合と比較して、コンピューティングコストを 50% 削減します。AWS と Relay Therapeutics はまた、解析コストが予算額を超えないように、プロセスにパラメータチェックを組み込みました。「ジョブが設定された費用のしきい値を超えると、アラートが表示されます」と Walters 氏は説明します。「これはパラメータから逸脱していることを知らせてくれるので、ジョブを終了したり、すぐに調整したりできます」

AWS のハイパフォーマンスコンピューティングソリューションを導入して以来、Relay Therapeutics は 50 億の化合物のスクリーニングを複数回実行してきました。AWS が提供するスケーラビリティにより、科学者は同じ移動タンパク質ターゲットの複数のスナップショットに対してスクリーニングを実行できます。  

数年前、Relay Therapeutics チームは、同社が現在実現している規模 (10 億行のテーブルの解析) でバーチャルスクリーニングを実行することは不可能だと考えていました。「数十億行のテーブルを並べ替えることさえ、簡単なことではありません」と Walters 氏は強調します。「AWS のテクノロジーを利用することで、これらすべての情報を効率的に処理できるため、これまで可能であると考えられていたよりも早く患者に薬を届けるという最終的な目標に向けて努力することができます」